1. Siswa melapor kepada kepala sekolah asal untuk mendapatkan surat ijin mutasi dengan membawa syarat-syarat kelengkapan untuk melakukan mutasi
2. Siswa menyerahkan surat ijin mutasi dari kepala sekolah asal dan dokumen syarat lain  kepada operator sekolah
3. Operator dapodik sekolah login ke situs operator dan memilih menu SISWA, submenu MUTASI SISWA.
4. Operator sekolah melakukan entry data, meliputi :
   1. NISN siswa bersangkutan.
   2. Nomor surat ijin mutasi dari sekolah asal.
   3. NPSN sekolah tujuan.
   4. Keterangan/Catatan lain yang diperlukan.
   5. Print-out 5 (lima) lembar surat pengantar mutasi siswa dan dinas pendidikan setempat (sebagai tanda bukti keberhasilan entry data).
   6. Pada hasil print-out tersebut terdapat 7 digit kode khusus dari sistem dapodik pusat sebagai penanda validasi dari/ke sistem.
5. Siswa melapor ke dinas pendidikan dengan membawa tanda bukti mutasi yang telah ditandatangani oleh kepala sekolah
6. Dinas Pendidikan mengesahkan mutasi siswa. (Kepala Dinas/Pejabat yang berwenang mengesahkan tanda bukti mutasi siswa)
7. Siswa menyerahkan surat ijin mutasi dari kepala sekolah asal dan dokumen syarat lain (surat pengantar dari dinas pendidikan setempat) sesuai dengan ketentuan dinas pedidikan setempat kepada operator sekolah.
8. Kelima surat hasil print-out tersebut ditandatangani oleh kepala sekolah dan disahkan sekolah asal.
9. Menyerahkan 3 (tiga) lembar surat kepada siswa yang bersangkutan untuk 1 (satu) lembar diberikan kepada dinas pendidikan tujuan, 1 (satu) lembar untuk sekolah tujuan, dan 1 (satu) lembar disimpan sebagai arsip siswa, dan 2 (dua) lembar lainnya disimpan sebagai arsip dinas pendidikan dan arsip sekolah asal..

*) Mutasi dapat dilakukan juga melalui operator dinas pendidikan dengan membawa surat pengantar dan syarat-syarat mutasi dari sekolah